かつて秋葉原の街が悪場と呼ばれていた時代にさかのぼる事数百年前、亜牙一族と死骸一族は激しい勢力争いを続けていた。そして現代のこの秋葉原において新たなる戦いの火蓋が切って落とされた！死骸一族が最新のテクノロジーを武器に再び世界を支配しようとこの秋葉原の街に邪念を集め始めたのだ！亜牙の長老は死骸一族の野望を阻止するために亜牙一族の血を受け継ぐ女くの一、月城牢那と星垣詩百合に世界の平和を託す。亜牙のテクノロジーを結集して、ついに完成した最新兵器・アキバリオンシャドーに変身した牢那と詩百合は、宿敵、死骸一族に敢然と戦いを挑む！