かつて暗殺者を引退して平穏な暮らしをしていた牙望深雪は、防衛庁の木崎に地球を狙っているスキュラという宇宙人と戦って欲しいと頼まれて了承し、機密戦隊ブラックアイズの一員、ブラックグリフォンとなる。深雪は戦うことを了承する際に、かつての仲間翼陽菜を推薦するが、木崎も既に探しているが行方不明だと告げられる。陽菜を心配しながら、後輩となったブラックドラゴンこと雷亜蛍子と、ブラックペガサスに変身する暗殺者時代の宿敵矢沢麗の妹、羽柴涼とともにスキュラと彼女の繰り出す怪人と戦っていた。戦いの際に陽菜を見た深雪は、蛍子たちのバックアップをうけて一人追いかけるが、陽菜はスキュラに見初められ、怪人ローザとなっていた。陽菜のことを思う深雪は、満足に戦えずにローザとスキュラに痛めつけられる。決意して変身しようとするが、変身最中にスキュラの攻撃をうけ、不完全な状態でスキュラたちの猛攻をうけて敗北し、囚われの身となってしまう。スキュラはローザに深雪を拷問させ、深雪の体と心を激しく責め立てる。そして救出に来た蛍子がエネルギーを奪われながらも深雪を救出するが、追ってきたスキュラたちとの戦いの中で命を落としてしまう。怒りに燃えてブラックグリフォンに変身した深雪は、かけつけたブラックペガサスと最後の戦いを迎えるのだが…。