両親はなく、幼い頃から祖父母に育てられた彼は星の世界に強く惹かれ、逢辻学園の天文部に所属していた。天文部には秀弥の幼なじみの鳴海若菜、先輩の夏生妙子、後輩の七瀬香鈴、そして顧問代理の永倉真子先生と、さわがしくも楽しい仲間と共に天体観測にいそしんでいる。――ある夜、秀弥たちは妙な輝き方をする流星を目撃する。「UFO？」「人魂？」流星目撃の熱も冷めやらぬ翌日、ひとりの転校生が逢辻学園にあらわれる。冷たくも美しい彼女の名は渡部飛鳥。人と距離をおくかのような彼女の言動、それでいて昔から秀弥を知っているかのような、その態度に主人公たちは疑問を感じながら、それでも普段の学園生活を楽しんでいく。しかし、飛鳥があらわれてから不思議なことが起こりはじめる。突然、物が壊れたり、あるいはそれまでにそこにあった物が消失したりというように。奇妙な出来事は、次第に頻度を増していく……。そして最後に独りぼっちになった秀弥の前に現れる謎の転校生。『あなたの刻が終わろうとしています』――彼女は静かにそう告げた。