「ヴァナヘイム」と呼ばれる小さな島には、一つのダンジョンがあった。そのダンジョンには伝説の魔女「アリス」が、死の間際に遺した遺産が眠っていると噂されており、多くの冒険者がアリスの遺産を求めてこのダンジョンへと足を運んだ。しかし、ダンジョンの内部には危険なモンスターや罠が待ち受けており、アリスの遺産を目にした冒険者は未だかつて誰一人としていない。魔法少女の「リィーネ」もまた、噂を聞きつけヴァナヘイム島へとやって来た者達の一人である。ダンジョンの奥に眠る伝説の魔女が遺した遺産の正体を突き止めるべく、魔法少女リィーネの冒険が今始まる。