父である水無月博士の研究を引き継ぎ、娘である水無月百合が、本来は病気や怪我で弱っている人間の体の中に入り治療するために開発したナノマシーン・有機物強化装置を完成させた。だが、父の時代から助手であった弥生零がその装置を奪い、それを使って強化人間を作り、日本を支配しようと活動を始めた。百合は、零に対抗するために、有機物強化装置をさらに強化したジャスティーシステムを作り出し、ジャスティーリリーに変身して、シスターゼロと名乗って悪事を働く零に戦いを挑む。だが、零は踊らされていただけで、真の黒幕は、零の友人であったジャンボキラーであった。巨体と狡猾な戦術を使ってリリーを痛めつけボロボロにしたジャンボキラーは、リリーからジャスティーシステムの秘密を聞き出し、かねてから疎ましく思っていたシスターゼロを自滅に追い込み抹殺することに成功する。怒りに燃えたリリーは、ジャスティーリリー本来の姿でジャンボキラーを倒そうとするが、ジャンボキラーもまた余力を残していた。ジャスティーリリーとジャンボキラーの最後の戦いが始まる！