聖将戦隊セイントファイブは地下帝国ゲドラを壊滅に追い込み、やっとこの地球にも平和が訪れた…。しかし、その裏では、ゲドラ生き残りの幹部がセイントファイブに恨みを持つものを集め新たに「新世界」と名乗る組織を作り上げたのだった。平和が訪れたと安心しているセイントファイブ本部に緊急情報が入る。「オメガシックスシータ」と「イプシロンスリー」二箇所同時に不審者情報が…。ブルーとイエローは二手に別れ情報の地点に向かう。「イプシロンスリー」に到着したブルーは見たこともない戦闘員・怪人を発見するが、華麗な身のこなしで敵を倒していく。そこに現れたのはどこかで見覚えがある男。その男は空間モニターにあるモノを映し出す。それはなんともうひとつの地点に向かったはずのイエローが捕らえられた姿。続けて男が放った言葉「仲間を失うことはツライ…そこには正義も悪もありはしない…」セイントファイブ本部壊滅を示唆する言葉…。目の前の戦闘を投げ出し、たまらず本部に通信を入れる。応答のない本部。本部壊滅を悟ったブルーは怒りに燃え単身敵のアジトに乗り込む。次々と新世界兵をなぎ倒し、命乞いをするモノも拷問にかけ、ボスの居場所をつきとめるが、そこに待っていたのは例の男…。そして突きつけられた条件・現実…そして新世界の復讐がはじまる…［BAD END］