地球へ衝突コースをとる小惑星ネメシス。これを迎撃するために、地球防衛隊本部ではミサイル・プロトン1号および2号が建設された。しかし、突如出現した巨大怪獣ドルグラーと巨大戦闘ロボットヘルゲイザーMk2によってプロトン計画は窮地に立たされる。地球防衛隊員・南有紀は本来の姿である巨大ヒロイン「アルファレディー」となって二体の怪獣に戦いを挑む。しかし戦いの最中、突然彼女を襲う謎の超音波が発生。互角だった戦いも一気に劣勢へと向かってしまう。超音波の主である凶悪宇宙人メテオ星人も加わり、3対1のハンデを背負ったアルファレディーはアポロンミサイル発射基地の前まで追い詰められる。ヘルゲイザーMk2のマシンガン、ドルグラーの火炎攻撃からミサイルを守るべく、力を振り絞ってバリアーを張るアルファレディー。だが、バリアーをかいくぐり、背後に回ったメテオ星人によりねじ伏せられ、腕をへし折られてしまう。そして、緊急格納の遅れたプロトン1号はヘルゲイザーMk2のロケット砲により破壊され、目的を達成した星人たちは再び姿を消し、小惑星ネメシスを破壊するためのミサイルはプロトン2号だけとなってしまった。数時間後、基地内で治療された南隊員の下に、メテオ星人の基地強行侵入の報が入る。傷ついた体を引きずりメテオ星人を倒そうとする南隊員であったが、メテオ星人は彼女の脳波からプロトン2号の在り処を読み取ると、発射基地へと消えていった。満身創痍の体だが変身して星人たちに対峙するアルファレディ。「たとえ、3対1でも同じ相手に二度は負けない！」何度も傷つけられ、叩きのめされても、身を挺して人類の希望であるプロトン2号を守るアルファレディー。ようやく発射準備が整い、プロトンは無事に小惑星ネメシス破壊のため宇宙へと発射された。しかし、全てはメテオ星人のシナリオどおり。アルファレディーには死よりも辛い地獄が待ち受けているのだった…。［BAD END］