関東地区の5箇所に黒騎士団が核爆弾がセットした。変身戦隊レインボーファイブの若者達5人はそれぞれの場所に別れ爆弾の捜査を開始した。しかし、それは5人の戦士をバラバラにし、ひとりひとりを倒し捕獲する作戦だったのだ…。