ごく普通の○学生・小山内ハルカは、下校途中に麻薬中毒の男たちに連れ去られレイプされてしまう。その現場に突然あらわれてハルカを救ったのは、謎の美少女・来栖ミオだった。翌日、転校生としてハルカの前にあらわれるミオ。彼女は警察からの秘密任務をおびた少女コマンドーだった。ハルカは助けてくれたお礼としてミオの役に立ちたいとコマンドー助手を志願する。ハルカを助けたのはただの偶然。目的は麻薬組織のほうだと告げるミオ。しかし、ハルカは強引にミオに付きまとう。根負けしたミオはハルカを上司である福田警視に引き合わせる。かくして正式に少女コマンドーとなったハルカはミオと共に自分を犯した麻薬組織を追い詰めるべく戦いを開始した…！