皇帝マルカス・ジェネイルに率いられた悪の秘密結社マルクジェネ。その世界征服の野望の前に敢然と立ち向かった彗聖天使プリマヴェール。悪と正義の戦いは一進一退の均衡を保ったまま続いていた。度重なる戦いにより追い詰められていたプリンス・レオンハルトだったが、プリマヴェールの力の源を抑制する「魔装結界発生装置」の開発により、ついにプリマヴェールを倒し、その一人である花京院サクラを捕虜にする事に成功する。しかし、帰還した彼に皇帝マルカス・ジェネイルが与えた次なる作戦は意外なものだった。完全なる支配を実現するためには、人々の心から全ての希望を奪い去らねばならない。そのためにプリマヴェールを汚し、犯し、屈服させ、その姿を全世界に見せ付けるのだ。かくして、マルクジェネの最終作戦となる「Z作戦」が発動された……。