ここは妖怪たちが住まい通う学園。平和な日本妖怪たちが秩序を生み出すために設立された。卒業生たちは節度をもって人間たちとうまく共存を成し遂げている。主人公の結城龍治は、北歳妖怪学園の執行部通称“妖学”の会長に就任したばかりの半人半妖（人間と妖怪のハーフ）。とても凄い血の持ち主らしいが、まだちゃんと力に目覚めていないのがちょっぴりネック。会長就任前後の騒動も落ち着き、前会長・妖狐の九重柊子や幼馴染・猫娘の猫宮彩葉の協力を得て学園生活を満喫していくはずだったが……突如、海外から吸血鬼のアレシアやサキュバスのリリスといった西洋妖怪の学生たちがやってきて「今日からこの学園を仕切る！」と宣言。文化の違いや、自分たちの気に入らないルールを都合のいいように変え始めたりで、学生たちは大激突！ついには、学園長並みの権力を持つ妖学会長の龍治に目をつけ接近し始める。日本・西洋の学生の間で板ばさみになった龍治と、学園のパワーバランスはどうなるのか？