魔物と呼ばれる怪生物が出没する近未来――。学園の統廃合で「御門学園」へと転入してきた沖田祐実（主人公）は、山奥から出て来たばかりという和装の女の子、一文字菊と出会い、さらには一緒のところを魔物に襲われ、その大ピンチの最中、二人は不思議な力に目覚めて、それを退け、さらにさらに同様の力を持つ少女たち――「新撰組」を名乗る魔女ッ娘集団と遭遇し、紆余曲折を経てその組織へと加わることになった。「新撰組」は、正体を隠して活動し生徒や市民たちの喝采を浴びていたが、学校公認の魔物退治集団「海援隊」とは反目し合う仲で、会えば不毛でバカバカしい対立を続けていて、祐実もなし崩し的にその抗争に巻き込まれ……。