主人公、矢神一馬（やがみかずま）は、幼い頃に森の中で、美しいエルフの女性に出会う。エルフは、一馬に自分のしていたペンダントを握らせると「将来、私の娘を助けてあげて」と願われた。そんな夢を、もう幾度となく繰り返して見てきた。嘘のような出来事だったが、その時に受け取ったペンダントが、嘘ではなく現実であったことを裏付ける。しかし、それから十数年の時が経過したが、そのエルフにも、エルフの娘にも会うことはなく、現在では気ままな全寮制の学園生活を送っていた。ある時、吹き抜けの一番高いところを、ふらふらと歩く金髪の女の子を発見する一馬。少女は、そのまま力なく落下してしまうが、間一髪一馬がキャッチして助けることができた。次の瞬間、不思議なことが起きた。「一馬、ひとりで走り出してどうした？」どうやら、この少女のことは、一馬以外には見えていなかったようだ。その刹那、一馬はこの学園に伝わる七不思議の1つを思いだす。「学園内を、見えない少女が徘徊している」