世界は大祝福時代と呼ばれていた。人に神がかった力（神玩）が与えられ、その代償に呪いをかけられるという謎の現象が世界各地で認識されるようになって、5年。思春期の若者たちを中心に神玩者と呼ばれる者は、世界中で発見され、各国政府に保護された。主人公、淵堂ヤシロは、やや引きこもり癖があるネガティブな男子学生。そういった世界も、関係のない出来事に思い暮らしていた。しかしある夜、浜辺に赴いたおり、神玩者同士の戦いに巻き込まれ、海へ落ちたときに、謎の少女から「レーヴァテイン」という剣を与えられ、否応なく戦いに巻き込まれてゆく。戦いの中で、ヤシロは世界の実態というものを知ることになる。「神住島」と呼ばれる正体不明の島を巡り敵対する国家の争い。シラヌイというリーダーを筆頭に、「バナー」と名乗るはぐれ神玩者の集団。「神住島」に住む、アイリスという神秘的な少女…。そして――世界最高の神玩を持ち、新日本軍に利用される皇海柚香との出会いが、ヤシロにとっての新しい世界の始まりだった。柚香は新日本軍に従うが、その前に、バナーの少女で、幼馴染でもある射手三葉が、宿命のように立ちはだかる。柚香と三葉、そしてヤシロ。神に祝福された世界はどうなっていくのか…そして少女たちの絆は――。