宇宙からの謎の敵ゲミラムの攻撃によって地球は荒廃し、地球全生命の存続の猶予はあと半年。人類は叡智を結集し、宇宙戦艦ハヤテを建造した。そんな時、199万光年彼方の星メルカンダスの女王より抗宇宙ウイルスワクチンと除去装置を提供するとのメッセージが届いた。人類は全地球の運命をハヤテに託す。目指すメルカンダスまであと少しという所まで辿り着いた時、敵のゲミラム軍主力大艦隊がハヤテの前に立ち塞がった。戦闘班長・伍代勉は部下に戦闘指示を伝える。その姿を見守るのはレーダー係兼医療班でもある真里ユイだ。ハヤテの破斬砲が火を噴き、敵艦隊を壊滅させ歓喜に湧く艦内。が、その隙をついてゲミラムの総帥デムラーは、艦内白兵戦を挑んできた。応戦に出る伍代ら戦闘班。ユイは負傷者の手当てに向かう最中に鉢合わせたデムラーに艦内の一室で犯されかけるが、すんでの所で伍代により救出され、デムラーは一旦退却、デムラー艦も姿をくらました。ようやくメルカンダス星を目前にしながら、今度はゲミラムの物質転送機によって突如出現したミサイルがハヤテの艦首破斬砲発射口に突き刺さる。その喧騒の中、ユイは拉致されてしまう。