国家の形骸が喪われ秩序は意味を失くした混沌の時代。地球上にはシティナンバーを持つ都市国家点在していた。その中のシティーナンバー69……この都市の上空に突如、悪の組織・ダークマザー率いる浮遊古城が出現した。組織の目的が謎に包まれたまま、差し向けられた怪人たちが女性達を狙い暗躍。だがその時、月の光を背に素肌を露わにした天使の姿が浮かび上がった。彼女は女性達を守る正義の女神・“エンジェルブレイド”なのだ！エンジェルブレイドに手を焼いたダークマザーは、出身も国籍も謎の、非合法専門の便利屋である“KAZI”（主人公）を雇う。彼はエンジェルブレイドとの因果関係が疑われる学園に、教師として潜入。目的の為には手段を選ばない非道なやり方で、怪しい女性たちを次々と拷問にかけていった。しかし彼は出会っていた、エンジェルブレイドの正体である少女“萌奈”に。二人はお互いの正体を知らずに、純真な生徒と良き教師の関係を築いていく……。