草薙（主人公）は、過去、警視庁が興した心理分析官導入計画のプロファイラー候補だったが、現在は涼崎聡の相棒として探偵稼業を営んでいた。不可思議な猟奇事件（前作『黒の断章』）が解決してから一ヵ月後、草薙のかつての同僚だった山崎聡美と、沢村人志が同時刻に自殺するショッキングな事件が発生した。その事件を追うことになった草薙と涼崎は、それが草薙にとって忘れることが出来ない三年前の事件とリンクしていることがわかった。そしてさらに、神と奉り上げられた自閉症の少年・鵺野、雲頭様（ワンズサマ）と云う奇妙な信仰を持つ小さな漁村、その村で11年前に起こった村民九名の虐殺事件へと結び付いて……。