地球滅亡の危機！人類は強大な敵が接近している事にまだ気がついていなかった…。だが、宇宙物理学者の柊雄三だけは、その存在にいち早く気付いていた…。しかし、時すでに遅し！謎の敵に襲撃され、瀕死の状態の柊雄三…。そこへ、孫のタケルが現れる。瀕死の雄三から次々と、驚くべき事実を告げられるタケル…。敵の襲撃までに1年しかない事、「軍神」と呼ばれる超兵器が地球を狙っている事など…。愕然とするタケルに、雄三は更なる事実を告げる…。それは、敵に対抗する為に雄三も地球の「軍神」を用意していたのだ！しかし、三位一体の合体型マシーンで完成しているのは一号機のみ…。敵の「軍神」を倒し地球を守る事が出来るのか？