ドタバタへっぽこテロリスト“鳥井かりん”が起こした「瑞鳳学園占拠事件」から、はや数週間。「一か月以内に空を飛ばなければ死ぬ」などと言う無茶苦茶な要求をどうにか乗り越え、念願の平和な学園生活を取り戻した“天野翔”たち飛行候補生メンバー。しかし！そんな彼女たちの前に、今度は自称『魔法使い』だと宣言する謎の少女“花梨”が現れる！空を飛ぶ魔法を習得するために、空を飛んだ事がある深空に弟子入りしたいと学園に乱入してきた新メンバー“花梨”。彼女を加えた飛行候補生メンバーたちの明日はいかに！？